增值稅專用發票的認證流程包括以下步驟：

　　1.前期準備：購置和安裝防偽稅控系統，將金稅卡插入稅控裝置中。安裝航天信息里的開票衛士，把買來的發票讀入到開票系統里。

　　2.電腦聯網，掃描儀正常連接運行。打開相關“網上認證程序”，找到相關“網上認證采集模塊”，執行“發票掃描錄入”，將需要認證的增值稅專用發票抵扣聯，逐一放置掃描儀中掃描采集。

　　3.每批次掃描采集完后，執行程序界面上的“保存”，通過“網上認證程序”中“信息發送”按鈕發送上傳到國稅機關，待反饋信息，及時獲取成功信息后，則通過認證；如果不符，需要仔細校對再執行上述步驟（也可通過手工錄入校正）。至此，“網上認證”完成。

　　另外，增值稅專用發票也可以通過稅務大廳窗口進行人工認證，或者通過自助辦稅終端進行掃描認證。其中，網上平臺勾選認證流程較為復雜，具體步驟如下：

　　1.登錄：納稅人使用可以連接互聯網的電腦，在USB接口插入金稅盤或者稅控盤，登錄增值稅發票選擇確認平臺。

　　2.確認完善信息，設定平臺密碼。確認和填寫企業的基本信息，并選擇是否設置平臺密碼及找回問題。

　　3.通過“發票勾選”或其他相應功能，勾選需要認證的發票，并保存。

　　4.確認勾選信息，點擊確定。

　　5.在跳出來的界面中繼續點擊“確認”。

　　6.來到“確認勾選”的界面，點擊查詢。

　　7.這時候會跳出剛才勾選的發票，然后點擊下方的“確認”。

　　8.在發票確認匯總中點擊“提交”。

　　9.點擊“確定”。

　　10.在跳出來的發票勾選成功的界面，繼續點擊“確定”。

　　至此，發票就算是認證了，可以導出認證明細，也可以將其打印出來。

　　請注意，以上步驟可能因具體的稅務系統或平臺版本而有所不同。在進行操作時，請參照當地稅務局的具體要求和指導，以確保操作的準確性和合規性。