土地增值稅是指在轉讓國有土地使用權、地上建筑物及其附著物時，由增值額所征收的一種稅。土地增值稅的計算方法是根據納稅人轉讓房地產所取得的增值額與扣除項目金額之間的差額來計算的。

首先，計算出增值額。根據《土地增值稅暫行條例》規定，增值額是指納稅人轉讓房地產取得的全部收入減去扣除項目后的余額。具體來說，增值額等于銷售收入減去取得土地使用權的成本、費用和稅金。其中，銷售收入包括房屋及建筑物價款、土地價款、轉讓的房地產的稅費等。

其次，確定扣除項目。扣除項目是用來抵減增值額的，主要包括以下幾個方面：一是取得土地使用權和開發土地的支出；二是開發、建造普通標準住宅的成本；三是房地產開發費用；四是財政部規定的其他扣除項目。

最后，計算應納稅額。應納稅額等于增值額乘以稅率表中的對應稅率，再減去速算扣除數。速算扣除數是根據納稅人具體情況確定的一個數值，用于調整增值額中不同項目的比例。如果納稅人能夠提供準確的扣除憑證，可以享受減免稅優惠。否則，按照規定繳納相應的稅款。

需要注意的是，土地增值稅實行的是預征制，即納稅人應當在轉讓房地產前向稅務機關預繳稅款。只有在實際轉讓過程中才進行清算，多退少補。同時，土地增值稅的納稅期限為自納稅人辦理納稅申報之日起10日內，超過這個期限未申報或者未繳清稅款的，將面臨滯納金和罰款。